Рыхлодерновинный многолетник. Корневище укороченное, около 1,5—2(3) м-м в диаметре, состоящее из 9 междоузлий, окруженное коричневатыми опущенными чешуевидными листьями. Придаточные корни двух видов: толстые (около 1 мм в диаметре) 10—40(46) см длиной и сравнительно тонкие (0,3—0,6 мм в диаметре) 5— 20(30) см длиной, располагающиеся в приповерхностном слое почвы до глубины 5—7 см, они сильно ветвятся до 3—4-го порядков.
Растение с укороченным (составленным всего 3 междоузлиями) тонким (около 1 мм в диаметре) корневищем и длинными (до 100 см) надземными олиственными плетевидными ветвящимися побегами (Madalski, 1930). Придаточные корни отходят пучками из узлов зоны кущения, немногочисленные, молодые белые, позднее темнеющие, 0,2—0,4 мм в диаметре, до 15,5 см длины, почти нераз-ветвленные; отдельные корни более крупные — 0,5—0,74 мм в диаметре, 6—18 см длины; длина корневых волосков 0,5—0,9 мм (Metsavainio, 1931).
Горец змеиный относится к моноподиальным растениям, у которых преобладающая часть ассимилирующих листьев находится в розетке (на главной оси). Генеративные.побеги развиваются из пазушных почек первых розеточных листьев текущего года (Серебряков, 1952).
Заложение и формирование почек возобновления, которые дают начало как ортотропным побегам, так и побегам с плагиотропной частью, начинается еще в период роста и формирования материнского побега (июнь —июль). Внутрипочечная фаза развития длится около года.
